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孙氏是龙的传人，族史源流一说是八支，一说是六支，主要有姬、芈、妫三支系。
一、较早的一支来源于西周
姬姓孙氏是周文王之后。据《元和姓纂》记载：“周文王第八子卫康叔之后，至武公和生惠孙，惠孙生耳，耳生武仲，以王父字为氏。”卫康叔，名封，是周文王姬昌的小儿子，原封于康（今河南省禹州市西北），周公姬旦平定武庚叛乱后，把殷原来统治的地区分封给康叔，仍然以殷的旧都朝歌（今河南省洪县）为都城，监管殷的余民，同时把殷民七族陶氏、施氏、繁氏、邽氏、樊氏、饥氏、钟葵氏赐封给他，建立卫国，康叔又称卫康叔。
卫康叔的八世孙卫武公（公元前852-公元前758年）名和，春秋初年卫国国君，公元前812年-前758年在位。在位期间，国泰民安。武公四十二年（公元前771年），犬戎、西弗等联军攻破镐京（今陕西省长安），杀周幽王。他与晋文侯、郑武公、秦襄公合兵助周王室平定叛乱，护卫王宜臼东迁雒邑（今河南省洛阳市内王城公园一带），被周平王赐给公爵。卫武公姬和有子惠孙，惠孙之子名耳，为卫上卿，食采于戚（今河南濮阳市），姬耳之子名乙，字武仲，依据周制，诸侯国国君的儿子公子，孙子称公孙，玄孙则应以祖父的字为氏，武仲即以父惠孙的字为姓氏，成为姬姓孙氏的始祖。
姬姓孙氏系皇帝后裔：皇帝-玄嚣-蛟极-帝喾（ku）-后稷（周始利1）-不窟-鞠-公刘-庆节-皇仆-差弗-毁渝-公卯-高圉-亚圉-公叔祖类-古公直交-季历-文王姬昌-卫康叔-康伯-考伯-嗣伯-庭伯-靖伯-贞伯-顷侯-厘侯-武公和-公子惠孙-耳-乙-（字武仲始姓孙）。
二、二大来源于芈姓楚国。
颛顼是黄帝之孙，根据历史传说，其后裔的一支称祝融氏，临江谁与蛮族杂居。祝融后代陆终娶鬼方之女，该女怀胎十一年而不分娩，于是剖腹产，从其左右肋中各生出三人，其中第六子叫季连，其分支为芈姓，乃楚人的先祖。《说文图解》载：“芈，羊鸣也，从羊象声。”大约在商朝时期，季连部族逐步南迁到汉水流域，在与当地三苗土著居民不断融合后，力量逐渐强大。商后期，为了求得生存与发展，该部酋长鬻（yu）熊决定投靠周族，并在营救周文王、协助周武王讨伐商纣中立下许多功劳。在后来分封中，鬻熊的曾孙熊绎被周王封为子爵建立楚国。因为鬻熊的历史功绩，及其对楚族社会的影响，从此开始，楚国国君改为以熊为姓氏。
楚对西周保持相对独立，往往判服无定。周昭王曾两次率师伐楚。周夷王时，王室衰微，熊绎的后代熊渠乘机出兵攻打庸和扬粤（即扬越），至于鄂（今湖北省境内），分其土，封长子毋康为句宜王，中子挚红为鄂王，少子执疵为越章王。厉王时，熊渠畏周伐楚，去其王号。周宣王时，楚一度内乱。熊严有子四人，长子熊霜先立。熊霜卒，三弟争立：仲雪死，叔堪亡濮，而少弟季徇立，是为熊徇。熊徇之孙熊仪为若敖（楚君无谥（shi）称敖，冠以葬地名），其庶支称为若敖氏，是后来楚国的显族。
楚蚡冒是春秋初期楚国国君，若敖的孙子。其子蔫章封邑于蔫，就以“蔫”为姓、蔫氏后来逐渐发展为楚国的一个望族，蔫章之子蔫吕成，字步伯，楚成王时曾被任命为令尹，其孙蔫贾，字伯赢，在楚庄时任工正（管理王宫各类工匠之类事务的官员）。贾之子蔫敖，字艾猎，即楚国名臣--孙叔敖。
孙叔敖约生于公元前630年左右，少以聪明仁厚着称。其父蔫贾官至工正后被权势所杀，孙叔敖率全家避难迁至期思（今河南省淮滨）隐居，后在楚王亲信虞丘子的推荐下，出来辅助楚庄王。楚庄王因得到孙叔敖辅助，国力大增，后打败晋国，一举成为春秋五霸之一。孙叔敖虽贵为楚相，但生活相当俭朴，没有多少积蓄。以致他死后，他的儿子回乡种田，生活贫困，不得不砍柴以贴补家用。后有宫廷艺人优孟模仿孙叔敖计说楚庄王，告之孙叔敖家人穷困状。楚庄王乃召孙叔敖子，封以寝丘（今河南省固始县境内）四百户。孙叔敖后人为了纪念一代贤相，就以孙为姓，从而先秦时期的寝丘一带又出现一支孙氏族人。孙叔敖成为这支孙姓的始祖。
芈姓孙氏也是黄帝后裔：黄帝-昌意-颛顼--称-老童（卷章）--吴回--陆终（芈）-季连--附沮--穴熊。季连为荆楚先祖，始姓芈，季连的孙子穴熊为荆楚国君。楚君蚣冒（熊晌）一王子为--章晌--为叔伯吕臣--？为贾伯赢--为艾猎即菇敖（字孙淑，其子以父字为氏称孙氏）。
三、乐安孙氏来源于妫姓
《古今姓氏辩证》等认为孙姓出自妫姓，是齐田完的后代。齐田完的四世孙桓子的孙子，因为伐莒有功，景公赐姓孙氏，食采于乐安。田完是舜的后裔。许多孙姓族谱把虞舜视为本族的始祖。
孙氏祖上有确切的世系是从舜的后代虞阏父开始。周武王伐纣时，虞阏父做周国陶正之官，执掌陶器的制作，管理从事制陶的百工，由于其管理有方，器用齐备，又因他是古代圣贤虞舜的后代，周武王为奖励他的劳绩和褒扬的祖先，就把长女嫁给虞阏父亲之子妫满，并把他分封到河南淮阳一带，建立陈国，妫满死后谥号为陈胡公，古又称胡公满。
从胡公满开始，经过10代12个国君的世袭传承，到桓公时，陈国发生了内乱。桓公卒后，其弟佗杀桓公太子免而自立，是为陈厉公，太子免的三个弟弟跃、林、杵臼为报杀兄之仇，又设计杀厉公，立跃为利公。利公立5个月后去世，君位传给其弟林，为庄公：庄公在位7年后卒，君位又传给其少弟杵臼，为宣公。宣公原本已立太子御寇，后又欲立宠姬所生之子款，便于公元前672年杀太子御寇，厉公之子完。字敬仲，与御寇交往甚密，因惧怕祸及自己，逃到了齐国，改姓田，称田完。由于他原是应该继立的诸侯，再加上他品德高尚，齐桓公欲命他为卿。但田完推辞卿职，当了管理百工之事的基层官吏。田完的四世孙田无宇（桓子），官位“上大夫”；五世孙无宇之子田书在齐国攻打莒国的战斗中立了战功，被齐景公封至乐安并赐姓孙氏。
妫姓孙氏远古始祖虞舜，系黄帝后裔：黄帝-昌意-颛顼-穷蝉-敬康-句望-桥牛-鼓叟-虞舜-虞阏父-胡公满-申公犀侯-相公皋羊-孝公突-慎圉戎-幽公宁-厘公孝-武公灵-夷公-平公燮-文公圉-桓公鲍-厉公佗-公子完（奔齐）-山巨孟夷-泯孟庄-文子须无-桓子无宇-田书（赐姓孙）。
四、孙姓出自子姓
比干之后，避难改姓孙氏。比干是殷末纣王叔父，官至少师。纣王淫虐无度，国势危殆，却不听劝谏，他冒着被杀头的危险，连续三天进宫劝说纣王，希望他能改过自新。纣王恼羞成怒，下令若若有人敢再犯颜直谏者，一律斩首。可比干把自己的生命置之度外，继续劝说纣王。纣王暴跳如雷，让人当庭剖开比干的胸取心。比干被纣王杀害后，其子孙纷纷避难隐姓，有的以本为王族子孙之故，改为孙姓。
五、汉代时荀子后人因避讳而改孙姓
战国时期的大思想家荀子，姓荀，名况，又称荀卿，是荀姓家族人的骄傲。汉宣帝刘荀时，为避其讳，改为孙，并将战国时代的荀卿都改为孙卿。由是荀姓也成为汉代“孙”姓支脉的一个源头。《战国策.楚策》、《韩非子、显学》、《汉书 艺文志》、《儒林传》及刘向《孙卿新书 叙录》、《韩诗外传》等书篇中称荀子为“孙卿”、“孙子”，荀卿自己的著作《荀子》中的《儒效》、《议兵》、《强兵》、《尧问》等篇中也多见“孙卿子”。
六、夏侯婴之后也有一支改姓孙
夏侯婴，西汉沛县人，与刘邦是少时的朋友，从刘邦起义，立下战功，后封为汝阴侯。《汉书.夏侯婴传》载：“初婴为滕令奉车，故号腾公。及曾孙颇尚王，主随外家姓，号孙公主，故腾公子孙更为孙氏。“此话大意为，当初因为夏侯婴做过“滕令奉车”官职，所以号腾公。等到其曾孙夏侯颇娶公主为妻，该公主随母亲外家的姓，称“孙公主”，这使夏侯颇的子女也跟随母亲外家的姓为孙。从此夏侯婴的后代中便有一支成为孙氏。
七、赐姓和改姓
孙姓在两汉以后，还有其它姓氏因多种因素不断地加入到孙姓行列之中。三国时期东吴将领俞河因功而被赐姓孙，因成孙河。孙河家族兴旺，为是南方孙姓的一大支派。
孙河，官拜东吴威寇中郎将，领庐江太守，镇守皖城（今安徽省潜山县）孙河，本姓俞，字伯海，和东吴孙氏同乡，也是吴郡人。俞河年少时即随孙坚征讨沙场，点领亲兵，常为前驱，孙坚视作心腹。后又随孙策平定江东，多立战功，孙策爱之，赐姓为孙因而改姓。
孙河有四子：长子孙助，在东吴官任曲阿长：次子孙谊，官在海盐长；第三子孙桓任安东中郎将，曾与大将陆逊共拒刘备，后以功拜建武蒋军，封丹徒侯；少子孙俊，为定武中郎将。孙子辈还有孙建、孙慎等，也都为将军。曾孙辈有孙丞，官位黄门侍郎，略有文采，作《萤火赋》行于世。
孙河之侄子孙韶,亦年少从军，为广陵（今江苏省扬州以北）太守。其子孙也较多，且官位显。
另外，有因政治避难而改姓孙氏。今山东《郓城县志》据李集乡军李村《李氏族谱》载，李氏原姓轩辕氏，先祖轩辕斌，明初在朝为官，奉命往梁山平乱，便落籍郓城。后因奸臣陷害，为避灭门之祸，遂将轩辕氏改为孙、轩、李三姓，隐居四方。《明史》本传载，明朝中叶的士人孙一元，字太初，原是安化二王宗族，应姓朱，因为安化王犯法被诛，作为其宗族怕受株连，所以变姓名而避难太白山中隐居，又号太白山人。
孙姓在明朝又有不少新的支派加入。明朝初年朱元璋禁复姓，胡姓多为二字复姓，公孙、叔孙、长孙、土孙、王孙之类复姓也被禁之中，这类含“孙”的复姓不得不省字而改单姓孙姓。这些家族于是又成为孙姓族的又一庞大来源。
除以上带孙的复姓改为孙姓外，还有孟孙、仲孙、季孙、室孙、宫孙、大孙、唐孙、县孙、颛孙、臧孙、扬孙诸姓氏，估计在明初省字改姓的过程中，亦应大都改为“孙”姓名。
八、少数民族中的孙姓
在古今少数民族中，也有不少孙姓，其中有些孙姓是汉族融入者，有些是各族中自行改姓者。唐代安禄山部将孙孝哲，官至大将军，安禄山僭（jian）位后拜殿中少监，就是契丹族人。
满族建立清朝之后，把八旗统治制度推行天下，在原来的八旗中，有部分汉人沦为满人奴隶，后多与满族融合。如《清朝通志》卷八《氏族略》满族旗分内尼堪姓名：孙氏，孙天保，镶黄旗包衣旗鼓人，世居抚顺地方，任护军参领。又台尼堪姓：孙氏，猷（you）；尚，正黄旗人，世居盖州地方，国初来归，其；孙梦珂任三等侍卫。
清朝，满族仿汉姓已成普遍现象，孙佳氏取其首音，选“孙”作为姓。另有鲁布哩氏改姓孙氏，如历顺治、康熙两朝的护军统领、太子太傅孙达哩，本来就是姓鲁布哩氏。
在今朝鲜族人的一百多个姓氏中有孙姓。高丽学者金富轼撰着的《三国史记》中记述了孙姓的起源。新罗初期，朝鲜遗民分居山谷之间，分别为阏川杨山部、茂山大树部等六部，均以朴为姓。到新罗第三代王朴儒理尼师今九年春，改六部名称，并赐姓，茂山大树部改名渐梁部，并赐予孙姓。《清朝通志》卷八《氏族略》满洲旗分内高丽姓：孙氏，世居望京地方。玉兰，镶蓝旗包衣人，国初来归，其子谢秘，任郎中 其孙杭爱，任头等护卫。
在景颇族26个大姓中，格亮姓是起源较早的，是景颇族的祖先，其它各姓都是由它繁衍而出的，格亮姓汉化为孙姓。另有木如氏、堵引氏等小姓的汉姓也为孙。
明清时云南临安府方容甸长官副长官孙氏，就是傣族人。佤族中的木依库氏音译为孙姓。苗族、阿昌族、哈
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